เมื่อวันที่ 1 มิถุนายน 2547 คณะรัฐมนตรีได้ประชุมปรึกษา และลงมติว่าเห็นชอบและอนุมัติให้การรถไฟแห่งประเทศไทยดำเนินการเกี่ยวกับโครงการก่อสร้างระบบขนส่งทางรถไฟ (รถไฟฟ้า) เชื่อมท่าอาอากาศยานสุวรรณภูมิและสถานีรับส่งผู้โดยสารตามที่กระทรวงคมนาคมเสนอ โดยให้ยกเว้นการปฏิบัติตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 17 พฤษภาคม 2537 เรื่อง พื้นที่ที่ควรกำหนดให้ระบบขนส่งมวลชน (รถไฟฟ้า) เป็นระบบใต้ดินเป็นกรณีพิเศษเฉพาะราย และให้รับความเห็นของกระทรวงการคลังไปพิจารณาดำเนินการด้วย

นอกจากนั้นคณะรัฐมนตรีได้มีความเห็นเพิ่มเติม ดังนี้

1. การดำเนินการก่อสร้างระบบขนส่งทางรถไฟ (รถไฟฟ้า)ฯ ดังกล่าว จะใช้วิธีว่าจ้างเอกชนเป็นผู้รับผิดชอบดำเนินการ และรัฐจะจ่ายค่าก่อสร้างและค่าใช้จ่ายทางการเงินพร้อมดอกเบี้ยคืนทั้งหมดภายหลังการก่อสร้างแล้วเสร็จ อย่างไรก็ดี หากกระทรวงคมนาคมและกระทรวงการคลังพิจารณารูปแบบการระดมแหล่งเงินลงทุนของโครงข่ายในภาพรวมของระบบขนส่งมวลชนระบบราง ระยะทางรวม 291 กิโลเมตร ซึ่งรวมถึงโครงการก่อสร้างระบบขนส่งทางรถไฟ (รถไฟฟ้า)ฯ ของการรถไฟแห่งประเทศไทยดังกล่าวข้างต้นได้แล้วเสร็จโดยเร็ว การจ่ายเงินค่าก่อสร้างและค่าใช้จ่ายทางการเงินพร้อมดอกเบี้ยคืนแก่เอกชนก็อาจดำเนินการได้ก่อนการก่อสร้างแล้วเสร็จ ดังนั้นการดำเนินการโครงการก่อสร้างระบบขนส่งทางรถไฟ (รถไฟฟ้า)ฯ ในครั้งนี้จึงเป็นการว่าจ้างให้เอกชนเป็นผู้รับผิดชอบดำเนินการและไม่เข้าข่ายที่จะต้องดำเนินการตามพระราชบัญญัติว่าด้วยการให้เอกชนเข้าร่วมหรือดำเนินการในกิจการของรัฐ พ.ศ. 2535

2. โดยที่การดำเนินการก่อสร้างระบบขนส่งทางรถไฟ (รถไฟฟ้า)ฯ ในครั้งนี้ กระทรวงคมนาคม (การรถไฟแห่งประเทศไทย) ได้แจ้งไว้ตามหนังสือกระทรวงคมนาคม ด่วนที่สุด ที่ คค (ปคร) 0805.2/125 ลงวันที่ 28 พฤษภาคม 2547 ว่า แม้ตามสัญญาว่าจ้างบริการที่ปรึกษาสำหรับงานสำรวจ และออกแบบรายละเอียดโครงการระบบขนส่งทางรถไฟเชื่อมท่าอากาศยานสุวรรณภูมิและสถานีรับส่งผู้โดยสารอากาศยานในเมืองได้กำหนดวันแล้วเสร็จ (เมื่อส่งมอบรายงาน Final Design) ในวันที่ 10 ตุลาคม 2547 แต่การส่งมอบแบบรายละเอียดฉบับร่่าง ( Draft Final Design) ในวันที่ 10 กรกฎาคม 2547 นี้ ที่ปรึกษาสามารถออกแบบในรายละเอียดของทุกระบบงาน กล่าวคือ โครงสร้างเส้นทาง อาคารสถานี ระบบไฟฟ้า เครื่องกล อาณัติสัญญาณ และข้อกำหนดขบวนรถ ครบถ้วนตามข้อกำหนดในสัญญาแล้ว เว้นแต่งานโยธาของเส้นทางและสถานีจะยังคงค้างรายละเอียดในส่วนที่สัมพันธ์กับงานอื่น เช่น การต่อเชื่อมของตัวสถานีกับอาคารโรงแรมท่าอากาศยาน การทบทวนด้าน Safety Audit ของตัวสถานี และรายละเอียดปลีกย่อยที่จะต่อเชื่อมกันระหว่างโครงสร้างหลักต่างๆ ซึ่งไม่เป็นสาระสำคัญของการประเมินราคา ผู้เสนอราคาที่มีประสบการณ์อย่างดีกับงานก่อสร้างระบบรถไฟฟ้าขนส่งมวลชนดังเช่นโครงการนี้ จะสามารถประเมินราคาของโครงการนี้ได้จากแบบรายละเอียดระดับนี้ไ้ด้ โดยสามารถประกันราคาต่อหน่วยของบัญชีรายการงานและวัสดุได้ อีกทั้งสามารถประกันราคาสูงสุดของโครงการได้ โดยสามารถรองรับรายละเอียดเพิ่มเติมในส่วนที่ขาดเหลือที่จะตามออกมาภายในกำหนดสัญญาว่าจ้างออกแบบฯ ภายในวันที่ 10 ตุลาคม 2547 ได้ จึงสามารถที่ใช้แบบรายละเอียดฉบับร่างที่จะส่งมอบในวันที่ 10 กรกฎาคม 2547 ในการประกวดราคาได้เลย โดยผู้เสนอราคาจะสามารถประกันราคาต่อหน่วยงาน (Unit Rate) ตามบัญชีวัสดุและสามารถประกันราคาสูงสุด (Guaranteed Maximum Price) ของโครงการได้ ดังนั้น การว่าจ้างให้เอกชนเป็นผู้รับผิดชอบดำเนินการโครงการก่อสร้างระบบขนส่งทางรถไฟ (รถไฟฟ้า)ฯ ตามข้อ 1. จึงไม่เข้าข่ายที่ถือว่าเป็นการดำเนินการในลักษณะ Lump Sum Turnkey ตามมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 5 กรกฎาคม 2546 เรื่อง การทำสัญญาว่าจ้างในสัญญาจ้างเหมา สำรวจออกแบบและก่อสร้างโดยผู้รับจ้างรายเดียวกัน และมติคณะรัฐมนตรีเมื่อวันที่ 4 พฤศจิกายน 2540 เรื่อง วิธีการจ้างเหมาประมูลแบบเหมารวม (Turnkey) เพราะเอกชนที่จะเข้ามาดำเนินการก่อสร้างมิได้เกี่ยวข้องกับการออกแบบรายละเอียดของโครงการแต่อย่างใด